Η Ελληνική Παιδιατρική Εταιρεία έχει ως κύριο στόχο την προαγωγή της υγείας των παιδιών και τη διασφάλιση και διεύρυνση των γνώσεων των παιδιάτρων, παρακολουθώντας και μεταδίδοντας όλες τις νεότερες εξελίξεις στον τομέα της ιατρικής επιστήμης. Για το λόγο αυτό, διοργανώνει το ετήσιο Πανελλήνιο Παιδιατρικό Συνέδριο, στο οποίο συμμετέχουν παιδίατροι από όλη την Ελλάδα.

Παράλληλα, κάθε 2 έτη διεξάγεται το Πανελλήνιο Συνέδριο Υποειδικοτήτων της Παιδιατρικής, βασικός στόχος του οποίου είναι η ανταλλαγή απόψεων και η μετάδοση γνώσεων και επιστημονικών πληροφοριών όσον αφορά στις επιμέρους ειδικότητες της επιστήμης της Παιδιατρικής.